As amostras recomendadas são as do trato respiratório inferior, incluindo escarro, lavagem broncoalveolar e aspirado traqueal (quando possível, de acordo com critérios médicos). No entanto, quando a coleta de uma amostra do trato respiratório inferior não for possível, as amostras do trato respiratório superior também são úteis. Em geral, é recomendada a coleta de um esfregaço nasofaríngeo e de um oronfaríngeo (os esfregaços devem ser colocados e transportados no mesmo tubo com o meio de transporte viral). Embora a amostragem de contatos assintomáticos não seja recomendada rotineiramente, se for considerada necessária, e de acordo com as diretrizes nacionais, as amostras das vias aéreas superiores devem ser consideradas. As amostras devem ser mantidas refrigeradas (4 a 8 °C) e enviadas ao laboratório (central, nacional ou de referência), onde serão processadas dentro de 24 a 72 horas após a coleta. Se as amostras não puderem ser enviadas dentro desse período, recomenda-se o congelamento a -70 °C (ou menos) até que as amostras sejam enviadas (garantindo que a cadeia de frio seja mantida).